Научно-исследовательская работа является приоритетной для института. Вопросы ее контроля, координации, планирования и организации возложены соответственно на ректора, Ученый совет, проректора по научной работе, заведующих кафедрами.

За время существования института в нем сложились следующие школы:
  • исследование теоретико-практических проблем развития негосударственных высших учебных заведений (научный руководитель – ректор ПСИ, профессор Н.Н. Захаров); 
  • теоретические проблемы непрерывного образования (научный руководитель – первый проректор ПСИ, профессор Н.С. Захарова); 
  • гуманитаризация и гуманизация образования (научный руководитель – ректор ПСИ, профессор Н.Н. Захаров); 
  • социальные проблемы молодежи России и Прикамья (научный руководитель – проректор по научной работе ПСИ, доктор социологических наук, профессор А.Г. Антипьев); 
  • социально-политические проблемы развития местного самоуправления в современной России (научный руководитель – проректор по научной работе ПСИ, доктор социологических наук, профессор А.Г. Антипьев); 
  • теория и практика профориентации молодежи в условиях модернизации образования (научный руководитель – ректор ПСИ, профессор Н.Н. Захаров).
Содержание и направленность научных исследований соответствует потребностям института в непрерывном совершенствовании образовательного процесса. Все научные исследования носят прикладной характер.

Основная доля в финансировании научных исследований – собственные средства. Общий объем финансирования научно-исследовательских работ на единицу профессорско-преподавательского состава составил в 2005 году 9,2 тыс. руб.

Одним из важных аспектов НИР является выполнение работ по заказу федеральных структур. Так, в 2004 году институтом в рамках «Федеральной программы развития образования на 2004 год» выполнена НИР по теме "Повышение роли местного самоуправления как средства совершенствования управления образованием при сопровождении мероприятий по модернизации российского образования". Заказчик НИР – Министерство образования Российской Федерации, объем финансирования – 900 тыс. руб.

Для проведения научных исследований в институте создан научно-методический центр, центр профориентации «Структура», Ассоциация «Непрерывное образование – XXI век», социологическая и психологическая лаборатории. В институте исследовательскую работу осуществляют пять кафедр. Сотрудники института осуществляют постоянные контакты с аналогичными учебными заведениями, научными центрами г. Перми, Москвы, Санкт-Петербурга, Екатеринбурга и др.

В целях усиления практической направленности исследовательской работы установлены тесные связи со всеми структурами власти на территории Пермской области (Администрацией области, Законодательным собранием, районными и городскими администрациями), в том числе с органами образования (Департамент образования г.Перми или Министерство образования Пермского края и др.).

Ежегодно проводятся научно-практические конференции регионального и международного уровней:
  • Региональная конференция «Качество социально-гуманитарного образования в вузе: состояние, пути, формы и методы его повышения».
  • Региональная конференция «Молодежь Прикамья на рынке труда».
  • Международная конференция «Семья на рубеже веков» (совместно с Пермским государственным институтом культуры и искусств.
  • Региональная конференция «Молодежь России и Прикамья на рынке труда: состояние, проблемы, тенденции».
  • Международная конференция «Модернизация системы образования в современной России: состояние, тенденции и проблемы».
  • По материалам всех конференций изданы сборники.
В 2002 г. институт стал выпускать собственный журнал – «Вестник Прикамского социального института: экономика, политика, социология, право». Вышло восемь номеров. Показательно то, что в его издании принимают участие до 60% преподавателей и сотрудников ПСИ.

Руководство института большое внимание уделяет выращиванию собственных профессорско-преподавательских кадров:
  • проходят обучение в качестве соискателей на степень кандидата наук преподаватели О.А. Аликина, С.И. Копытова, А.С. Куляпин,
  • на степень доктора наук – Н.Н. Захаров, Н.С.Захарова, Г.Н. Травников, С.Г. Шустов, С.В. Шустова.
Основное внимание в научной работе уделялось выпуску монографий и учебных пособий. За период с 2002 по 2005 годы профессорско-преподавательским составом (штатными и штатными совместителями) института опубликовано 30 монографий, среди них:
  • «Социально-экономические проблемы Прикамья» (коллектив авторов); 
  • «Местное самоуправление в условиях трансформации российского общества»
  • «Социальные проблемы молодежи Прикамья» (коллектив авторов); 
  • «Местное самоуправление в современном российском обществе» (К.А. Антипьев) и др., 
а также 76 учебных, учебно-методических и учебно-практических пособий, из них 8 учебников и учебных пособий имеют гриф УМО.

Большое внимание в институте уделяется привлечению студентов к исследовательской работе. Так, с 2003 г. работает «Клуб молодого исследователя». Совместно с философско-социологическим факультетом Пермского государственного университета проведено 4 научно-практические конференции. В 2005 г. вышел из печати студенческо-аспирантский сборник научных трудов.

Несмотря на относительно небольшой срок существования института, есть положительный опыт в налаживании межвузовских контактов с зарубежными исследовательскими центрами. Вместе с тем, не создан механизм рационального управления НИР, включающий обоснованное планирование, координацию, экспертизу, учет и контроль действующих исследовательских программ и их финансирование. Недостаточна активность сотрудников в подаче заявок на участие в конкурсах грантов и научных программах. Целесообразно объединить имеющиеся научные направления в более крупные на основе междисциплинарных связей, для которых в институте имеется необходимый потенциал.